Fugler
I de frodige innslagene av løvskog hekker det spurvefugler, og orrfuglen har faste spillplasser i furuskogen rundt Storskogvatnet. Bjørkeskogen kan enkelte år inneha gode bestander av lirype, og lengre opp i fjellet lever fjellrypa sitt barske liv. På snaufjellet kan man også se heipiplerke, snøspurv og steinskvett. I de bratte fjellsidene hekker både kongeørn og fjellvåk, og i tilknytning til rennende vann finner man fossekallen – Norges nasjonalfugl. Det er mange vann i Rago, og her hekker det smålom, storlom, strandsnipe og kvinand blant annet.
Foto: Bård Bredesen – Naturarkivet
Foto: Bård Bredesen – Naturarkivet
Dyr
Mårdyrene trives godt i Rago. Jerven har fast tilholdssted, den finner seg godt til rette i de utilgjengelige fjellområdene. Røyskatt og snømus kan man finne, disse populasjonene svinger i takt med tilgangen på smågnagere. Mink og mår er mer sjeldne, men observeres av og til. Oteren har ikke fast opphold her, men det hender at den opptrer som streifdyr for å besøke de fiskerike vatna sentralt i Rago.
Av større dyr er elg veldig vanlig. Gaupa opptrer som streifdyr, og det er ikke umulig at en bjørn kan komme over fra de svenske villmarksområdene.
Duokta reinbeitedistrikt bruker hele nasjonalparken til forskjellige deler av året og nasjonalparken har flere viktige flyttleier.